幽門螺旋桿菌(H. pylori)是消化性潰瘍病、胃癌和胃淋巴癌的重要致病因素。我們從患有上述疾病的患者和無這些疾病的患者身上收集了超過 4000 株的幽門螺桿菌菌株，並參與了國際幽門螺旋桿菌基因組計劃(Hp genome project)，以探討幽門螺旋桿菌毒力因子、宿主遺傳因素和生活方式因素在這些疾病發展中的交互作用。我們也開發了標準化方法來檢測幽門螺旋桿菌對各種抗生素的表現型和基因型抗藥性。此外，我們進行了多項大規模、多中心、隨機對照試驗，發展從一線到第四線治療的幽門螺旋桿菌感染的最佳治療方法。 近年來的研究顯示腸道菌與許多慢性疾病有相關，但目前現有在的人體研究，多數僅檢測16S (marker gene，僅到菌屬層次 genus level)、有進行微生物總體基因體定序 (Shotgun metagenomic sequencing，可到菌種層次 species level)的研究多為小樣本之研究，更重要的是目前仍欠缺同時探討人體全基因定型及腸道菌體對於各類疾病發生的影響。因此我們組成了一個跨領域的研究團隊，結合台大腸道菌研究世代、台灣精準醫療計畫，以相同的收案流程，招募健康人及消化道癌症、潰瘍性結腸炎、自體免疫疾病、冠狀動脈疾病等患者，建立臺大腸道菌及全基因型研究世代。我們也建構基因體學與腸道菌叢整合式分析演算法，並以微生物總體基因體定序(Shotgun metagenomic sequencing)檢測腸道菌之組成，分析基因及環境因子對於健康人腸道菌組成與多樣性的影響。未來將透過40000人的長期追蹤，探討腸道菌與疾病發生之因果相關，以及與宿主基因在疾病發生與否之交互作用。同時也成立無菌鼠實驗平台，以動物研究來驗證腸道菌與疾病發生的因果相關，進而開發新穎的微生物介入性治療。
